تم إنشاء هذا القسم في عام 1982م. وقد بدأ العمل بالعيادات الخارجية مبكراً منذ افتتاح المستشفى، بينما بدأ العمل بالقسم الداخلي بصورة رسمية في مارس 1988م، عند افتتاح المبنى الجديد لقسم الأمراض النفسية، ويعمل بهذا القسم 5 أطباء استشاريين، و 4 استشاريي علم نفس سريري، بالإضافة إلى 38 طبيبا أخصائيا ومقيما.
ويشارك القسم بصورة فعالة في الأنشطة الأكاديمية حيث يتم تدريس طلاب الطب المقرر الدراسي للأمراض النفسية وتدريب أطباء الامتياز وتدريس وتدريب طلاب الدراسات العليا الملتحقين ببرنامج الدراسات العليا في تخصص طب الأمراض النفسية.
بالإضافة إلى هذه الأنشطة الأكاديمية فإن منسوبي القسم يشاركون في برنامج التثقيف الصحي للمواطنين والمقيمين ( مثل الجوانب النفسية لحوادث المرور خلال أسبوع المرور )، والبرامج الأخرى الخاصة بالنسب المرضية لحالات الأمراض النفسية، وامتحانات المدارس لمعلمات مدارس البنات، ومعالجة الاكتئاب وتفاعلات التوتر، وذلك على ضوء تعاليم القرآن الكريم.
ويقوم القسم بعمل 17 عيادة خارجية أسبوعيا، تشمل حالات الطب النفسي وعلم النفس السريري، كما يقوم القسم بتقديم الاستشارات النفسية للمرضى في الأقسام الأخرى بالمستشفى عند طلبها. وتضم الأجنحة الداخلية للقسم 30 سريراً، ويشارك منسوبو القسم في الندوات، والمحاضرات، وورش العمل الخاصة بالصحة النفسية، والتي تعقد في داخل المملكة وخارجها، كما يقومون بنشر عدد من المواضيع الخاصة بالصحة النفسية في عدد من المجلات العلمية، والعالمية، والمحلية. وقد كان القسم هو المبادر بإنشاء الجمعية السعودية للطب النفسي، ويوجد مقر مكتب الجمعية الرئيسي بهذا القسم.
